中国电子口岸数据中心是海关总署、对外经济贸易合作部、国家税务总局、中国人民银行、国家外汇管理局、国家出入境检验检疫局、国家工商行政管理局、公安部、交通部、铁道部、民航总局、信息产业部等12个部委，利用现代信息技术，借助国家电信公网，在互联网上建立的公共数据中心和数据交换平台。
中国电子口岸数据中心深圳分中心（以下简称"深圳分中心"），于2003年3月7日正式成立，是中国电子口岸数据中心在全国41个分支机构之一，具有独立法人资格，经费独立核算，深圳分中心的主要职责如下：
一、实现深圳地区各有关部门间与大通关流程相关的数据共享和联网核查。
二、规范电子口岸数据交换标准，将大通关核心流程及相关的物流商务服务程序整合到统一的信息平台，实现全国“统一认证、统一标准、统一品牌”，为企业进出口通关提供“一卡通”、“一站式”服务。
三、承担电子口岸的统一身份认证业务，推进电子口岸平台建设。
四、建立完善数据公开、使用授权和信息安全管理办法，加强系统的安全管理工作，健全应急机制，确保系统的安全稳定运行。
五、承办深圳关区政务卡、企业卡的录入、制作等项工作。
六、负责深圳地区中国电子口岸应用项目及联网企业的技术支持、操作培训、热线咨询，及时收集、报告项目运行情况及各方反映。
七、负责深圳地区用户集中托管服务器的运行、维护管理。
八、承接其他应用软件开发及技术服务工作。
九、负责深圳地区电子口岸的职能及相关承建工作。
十、承办中国电子口岸数据中心交办的其他事项。